رأى الوزير السابق ابراهيم شمس الدين، أن "إصلاحا شيعيا عميقا يجب أن يباشره الشيعة اللبنانيون لوضعهم الداخلي فيما بينهم ولعلاقتهم كجماعة لبنانية مدنية مشرقة، مع اللبنانيين الآخرين، ومع العرب في أوطانهم، وهذا الإصلاح يبدأ بإجراء انتخابات في المجلس الشيعي بهيئتيه المدنية والشرعية ولرئيس جديد، وعدم تركه فريسة للتسلط وللخروج عن الدين".
وفي مؤتمر صحافي، في الذكرى السادسة عشرة لرحيل الشيخ محمد مهدي شمس الدين، اشار شمس الدين الى انه "منذ أكثر من سنة بقليل أصدر نائب رئيس المجلس الشيعي الأعلى الشيخ عبد الامير قبلان قرارا اعتبر فيه أن مسجد الإمام الصادق الذي بناه الراحل الشيخ محمد مهدي شمس الدين عام 1998، وما تحته والأرض المحيطة به هي وقف يتبع سلطة المجلس، وكذلك المباني التي تحضر لتكون كليات جامعية وطلب من دائرة الشؤون العقارية في بيروت تسجيلها ملكا لأوقاف الطائفة الشيعية، من دون قرار قضائي، بل بسلطة مجموعة ميليشيات تستجيب له ولرغباته العقارية، وضعت يدها على المسجد، وحجة قبلان وحاشيته هي أن المسجد والأرض هما وقف، وهذا ادعاء غير صحيح بل مزور، علما أنه أصدر قرارا ثانيا منذ أقل من شهر اعتبر فيه أن المدافن التي دفن فيها مسلمون شيعة في القرى والمدن هي تابعة للمجلس الشيعي ويجب أن تسجل في السجلات العقارية أنها كذلك"، لافتا الى ان "الأرض التي بني عليها المسجد هي ملك لبلدية بيروت، وقد أجاز المجلس البلدي عام 1983 للجمعية استعمال هذا العقار لإنشاء مشاريع تربوية وثقافية وغيرها، على أن تعود الأرض والمباني التي عليها إلى بلدية بيروت بعد 99 سنة".
واوضح شمس الدين "اننا تقدمنا بطلب إبطال القرار لدى مجلس شورى الدولة، ثم طلب إعادة محاكمة لديه أيضا، كما تقدمت بدعوى إزالة تعد لدى قاضي الأمور المستعجلة، وهي الآن في الاستئناف، وبدعوى أمام القاضي المنفرد المدني ضد المجلس الشيعي لمنع تعرضه لحق الجمعية، وكذلك تم الطعن في قرار القاضي في المحكمة الشرعية الذي أجاز للمجلس الشيعي قرار الوقفية"، مستغربا كيف ان "مجلس الشورى قد رد طلب الإبطال بحجة أن الأمر ليس من اختصاصه بل اختصاص القضاء العدلي، نقول بل إن القضية تدخل في صلب اختصاصه وبإجماع محامين وقانونيين اختصاصيين كثر، ولهذا طلبنا إعادة المحاكمة، ولا يستطيع ان يتنصل منها محايدا"، مضيفا "لا أعرف مم يخاف بعض القضاة إذا كانوا يخافون جلادا أو فرعونا ما، فيجب أن يخشوا أيضا الضحية، بل ضحايا امتناع العدالة في القضاء أو في الإدعاء العام، فالضحية لها صوت ولسان وحنجرة ويد وقلم وعقل تقاتل بها قبل أن يسيل بعض دمها على يد ظالميها"، داعيا بلدية بيروت الى "التحرك بسرعة وبحزم وتتدخل لدى القضاء باعتبارها أيضا معنية أولى في القضية، فلا يحق لأحد كائنا من كان، أن ينزع ملكيتها ويجعلها وقفا".
ولفت شمس الدين الى أن "حزب الله"، الذي أطلعناه تفصيلا على الاعتداء على الجمعية ومؤسساتها، والذي يقول إنه يدافع عن المظلوميات ويبحث عنها في أقطار الدنيا كلها، والذي يقول إنه يريد أن يبني دولة صحيحة عادلة في لبنان، وهو - الذي يريد أن يرتب أوضاع المنطقة كلها- لا يجوز له أن يترك أكثر الشيعة اللبنانيين ومؤسستهم المركزية غنيمة لزعامة طائفية تريد أن تؤبد نفسها باستلحاق عدد من رجال الدين الذي يحتاجون إلى تأهيل، وتجعلهم الولي الفقيه على أرزاق الناس وحقوقهم"، مشيرا الى أن "المجلس الإسلامي الشيعي الأعلى لم تجر فيه انتخابات منذ وفاة الشيخ شمس الدين منذ 16 عاما، وهو منتهي الولاية والصلاحية كليا وتماما، بنائب رئيسه وهيئتيه الشرعية والتنفيذية، ولم يجر التمديد له ابدا، وبالتالي لا صلاحية له أن يتصرف في شيء، وكل ما يقوم به من تبديل في هيكلية المجلس، ومن تعيينات، ومن تصرف بالأوقاف وتعديات أخرى مخالفة لقانون إنشائه، ومخالفة لأنظمته هي باطلة وسيتم الطعن فيها كلها".
واعتبر شمس الدين انه "على المجلس الشيعي أن ينظم الأوقاف لا أن يصادرها وينتزع ملكيتها ويسجلها باسمه لمجرد أن نائب رئيسه الذي انتهت ولايته وقع قرارا بذلك ونشره في الجريدة الرسمية، وهو أصلا ليست له صلاحية بذلك اطلاقا بناء على قانون المجلس"، مشددا على ان "المجلس الشيعي يحتاج إلى انقاذ مما هو فيه، ويجب أن يعود مؤسسة لجميع الشيعة كما كان قبل 16 عاما، وليس لبعضهم الحزبي، ويجب أن يبقى على مسافة واحدة من الجميع، ويجب أن ينتخب له رئيس حقيقي وعلني، لا أن يكون له رئيس غير معلن يسكن بعض عيون بيروت".